Václav Havel và Karol Sidon (trái), bạn của ông và sau này là giáo sĩ Do Thái người SécCờ của Tổng thống Cộng hòa Séc. Khẩu hiệu quốc gia "Sự thật còn mãi" là một phần trong quốc quốc huy lớn của Tiệp Khắc trong thời kỳ giữa các cuộc chiến tranh.

Vào ngày 29 tháng 12 năm 1989, khi đang lãnh đạo Diễn đàn Công dân, Havel trở thành Tổng thống Tiệp Khắc bằng một cuộc bỏ phiếu nhất trí của Quốc hội Liên bang. Từ lâu, ông khẳng định rằng ông không quan tâm đến chính trị và đã lập luận rằng thay đổi chính trị trong nước nên được tạo ra thông qua các sáng kiến công dân tự trị hơn là thông qua các thể chế chính thức. Năm 1990, ngay sau khi đắc cử, Havel đã được trao Giải thưởng Vì Tự do của Quốc tế Tự do.[25][26][27]

Năm 1990, Tiệp Khắc tổ chức cuộc bầu cử tự do đầu tiên sau 44 năm, dẫn đến chiến thắng rộng khắp cho Diễn đàn Công dân và Công chúng Chống Bạo lực, đối tác của diễn đàn này tại Slovakia. Cả hay chiếm đa số áp đảo trong cả hai viện của cơ quan lập pháp, và thống kê tỷ lệ phổ thông đầu phiếu cao nhất được ghi nhận cho một cuộc bầu cử tự do trong cả nước. Havel vẫn giữ chức tổng thống của mình.[cần dẫn nguồn]

Mặc dù căng thẳng chính trị ngày càng gia tăng giữa người Séc và người Slovakia vào năm 1992, Havel vẫn ủng hộ việc duy trì Cộng hòa Liên bang Séc và Slovakia trước khi quốc gia này bị giải thể. Havel tái tranh cử vào năm 1992. Mặc dù không có ứng cử viên nào khác nộp đơn, nhưng khi cuộc bỏ phiếu diễn ra vào ngày 3 tháng 7, ông đã không đạt được đa số do thiếu sự ủng hộ từ các đại biểu Slovakia. Đảng chính trị lớn nhất của Séc, Đảng Dân chủ Công dân, cho biết rằng họ sẽ không ủng hộ bất kỳ ứng cử viên nào khác. Sau khi người Slovakia ra Tuyên ngôn Độc lập, ông từ chức tổng thống vào ngày 20 tháng 7, nói rằng ông sẽ không chủ trì sự phân chia của đất nước này.[28]

Tuy nhiên, khi Cộng hòa Séc được thành lập với tư cách là một trong hai quốc gia kế nhiệm, ông đã ra tranh cử làm tổng thống đầu tiên vào ngày 26 tháng 1 năm 1993 và giành chiến thắng. Mặc dù trên danh nghĩa, ông là lãnh đạo điều hành của đất nước mới, nhưng các nhà hoạch định Hiến pháp của Cộng hòa Séc đã có ý định trao phần lớn quyền lực thực sự cho thủ tướng. Tuy nhiên, nhờ vào uy tín của mình, ông vẫn có quyền lực đạo đức lớn, và tổng thống có được một vai trò lớn hơn dự định của những người lập khung lập pháp. Ví dụ, phần lớn do ảnh hưởng của ông, Đảng Cộng sản Bohemia và Moravia (KSCM), người kế nhiệm chi nhánh của KSC ở các vùng Séc, bị hạn chế ảnh hưởng trong hầu hết nhiệm kỳ tổng thống của ông. Havel nghi ngờ rằng KSCM vẫn là một đảng theo chủ nghĩa Stalin chưa được cải cách.[29]

Sự nổi tiếng của Havel ở nước ngoài hơn hẳn sự nổi tiếng của ông ở trong nước,[30] và ông thường là đối tượng của những tranh cãi và chỉ trích. Trong thời gian tại vị, Havel tuyên bố rằng việc trục xuất cộng đồng người Đức gốc Sudeten sau Thế chiến II là trái đạo đức, gây ra một cuộc tranh cãi lớn ở trong nước. Ông cũng mở rộng lệnh ân xá là một trong những hành động đầu tiên của mình trên cương vị tổng thống, nhằm giảm bớt áp lực trong các nhà tù quá đông cũng như trả tự do cho các tù nhân chính trị và những người có thể đã bị giam cầm sai lầm trong thời kỳ Cộng sản. Havel cảm thấy rằng nhiều quyết định của các tòa án của chế độ trước không đáng tin cậy, và hầu hết những người tù đã không được xét xử công bằng.[31] Tuy nhiên, các nhà phê bình cho rằng lệnh ân xá này đã dẫn đến sự gia tăng đáng kể tỷ lệ tội phạm:[32] tổng số tội phạm tăng gấp đôi,[33] cũng như số vụ giết người.[34][35] Một số tội ác tồi tệ nhất trong lịch sử của tội phạm học Séc đã được những tội phạm được thả trong lệnh ân xá này thực hiện.[36][37][38] Trong vòng bốn năm kể từ cuộc cách mạng Nhung (và sau hai lần ân xá khác được tuyên bố bởi Havel), tội phạm đã tăng hơn gấp ba lần kể từ năm 1989.[33] Theo cuốn hồi ký To the Castle and Back của Havel, hầu hết những người được trả tự do chỉ có chưa đầy một năm để thụ án trước khi kết thúc bản án, nhưng số liệu thống kê trái ngược với tuyên bố của Havel.

Trong một cuộc phỏng vấn với Karel Hvížďala (trong To the Castle and Back), Havel bày tỏ cảm giác rằng thành tựu quan trọng nhất của ông với tư cách là tổng thống đã góp phần vào việc giải thể Hiệp ước Warsaw. Theo tuyên bố của ông, việc giải thể nó rất phức tạp. Cơ sở hạ tầng do Hiệp ước Warsaw tạo ra là một phần của nền kinh tế của tất cả các quốc gia thành viên, và việc giải thể Hiệp ước đòi hỏi phải tái cấu trúc và mất nhiều năm mới hoàn thành. Hơn nữa, phải mất nhiều thời gian để dỡ bỏ các thể chế của Hiệp ước Warsaw; chẳng hạn, quân đội Liên Xô phải mất hai năm mới có thể rút hoàn toàn khỏi Tiệp Khắc.[cần dẫn nguồn]

Havel, cùng với Bill Clinton, Vua Juan Carlos I của Tây Ban Nha và Simone Veil vào năm 2000

Sau tranh chấp pháp lý với chị dâu Dagmar Havlová (vợ của anh trai Ivan M. Havel), Havel quyết định bán 50% cổ phần của mình trong Cung điện Lucerna trên Quảng trường Wenceslas ở Praha, được ông nội của Havel xây dựng từ năm 1907 đến năm 1921. Ông nội của ông cũng được đặt tên là Václav Havel (đánh vần là Vácslav), và cung điện này một trong những "cung điện" đa chức năng ở trung tâm của Praha một thời bùng nổ trước Thế chiến thứ nhất. Trong một giao dịch do Marián Čalfa dàn xếp, Havel đã bán bất động sản này cho Václav Junek, một cựu điệp viên Cộng sản ở Pháp và là người đứng đầu tập đoàn Chemapol sắp phá sản, người sau đó đã công khai thừa nhận rằng bản thân đã hối lộ các chính trị gia của Đảng Dân chủ Xã hội Séc.[39]

Người bạn thân của ông là Ivan Medek, đã trở thành bếp trưởng của văn phòng tổng thống.[40]

Vào tháng 1 năm 1996, Olga Havlová, người vợ trong 32 năm của ông, qua đời vì bệnh ung thư ở tuổi 62. Vào tháng 12 năm 1996, Havel, vốn là người nghiện thuốc lá trong một thời gian dài, được chẩn đoán mắc bệnh ung thư phổi.[41] Căn bệnh này xuất hiện trở lại vào hai năm sau đó. Ông sau đó đã bỏ thuốc lá. Năm 1997, Havel tái hôn với nữ diễn viên Dagmar Veškrnová.[42]

Havel là một trong những chính trị gia có ảnh hưởng, những người đã đóng góp nhiều nhất vào quá trình chuyển đổi NATO từ một liên minh chống Khối Hiệp ước Warsaw sang hình thức hiện tại. Havel ủng hộ mạnh mẽ việc đưa các thành viên cũ của Hiệp ước Warsaw, như Cộng hòa Séc, vào liên minh phương Tây.[43][44]

Havel tái đắc cử tổng thống năm 1998. Ông đã phải trải qua một cuộc phẫu thuật cắt ruột già ở Innsbruck khi ruột già bị vỡ trong khi ông đang đi nghỉ ở Áo.[45] Vào ngày 30 tháng 1 năm 2003, Havel ký Lá thư của số tám.[46] Havel rời nhiệm sở sau khi nhiệm kỳ tổng thống Séc thứ hai của ông kết thúc vào ngày 2 tháng 2 năm 2003. Václav Klaus, một trong những đối thủ chính trị lớn nhất của ông, được bầu làm tổng thống kế nhiệm vào ngày 28 tháng 2 năm 2003. Margaret Thatcher đã viết về hai người đàn ông trong chuyên luận Statecraft về chính sách đối ngoại của cô, thể hiện sự tôn trọng lớn hơn đối với Havel. Sự cống hiến của Havel cho nền dân chủ và sự kiên định chống lại hệ tư tưởng cộng sản khiến ông được mọi người ngưỡng mộ.[47][48][49]